강단ㅇ식민사관을 극복한 윤내현 교수는 먼저 이 ‘고조선’ 명칭에 대한 바른 인식이 중요함을 언급한다. 강단사학계에서 인식하는 고조선이란, ‘단군조선-기자조선-위만조선’을 한데 뭉친 것으로 위만조선이 단군조선을 계승한 걸로 말한다.

그러나 실은 『삼국유사』에 「고조선조」와 「위만조선조」가 별도 항목으로 기록된 걸로 보아 두 왕조는 건국자의 민족성격, 혈통이 전혀 다른 왕조임을 알 수 있다.
　
그래서 먼저 ‘고조선’ 명칭에 대해 *‘기자국과 위만정권’이 포함되지 않은, “단군조선만이 고조선임”을 명확히 규정하고 연구해야, 고대사 연구체계가 바르게 설 수 있다고 주장한다(이하 고조선은 단군조선만을 말하는 것임).
　
강단사학계(또한 국사교과서)가 말하는 고조선 영역이란, ‘한반도 북부(대동강 이북)~만주 일부’이다. 이것은 기존 사학계가 고조선 중심지를 대동강 유역(평양일대)으로 본 친일사학자 이병도1)의 견해를 통설로 했기 때문이다.
　
이 학설에서는 연나라 사람 위만이 고조선의 마지막 왕인 준왕의 정권을 빼앗아 위만왕조를 세우고 위만왕조가 멸망한 후, 그 지역에 한사군이 들어 섰다는 것이다. 그 지역은 위만조선의 도읍지인 평양(대동강유역) 부근이므로 고조선 영역은 ‘한반도 북부~만주 일부’라는 논리를 내세운다.
　
저자 윤내현은 이런 과정에서 기존 사학계가 고대사 체계에 큰 오류를 발생시켰다고 말한다.

또한 이런 잘못으로 인해 한민족은 초기 역사부터 중국의 식민지배를 받은 미개한 민족으로 전락하고, 고대사는 결국 중국역사에 병합되어 사라진 역사가 되어버림으로써 국민들에게 부정적 인식을 심어주었다고 말한다.
　
그러나 저자는 여러 문헌에 의거하여, 당시 기준 왕이 통치한 기자국은 서쪽 변방에 있던 단군조선의 거수국(=제후국)이었으며, 위만정권은 한나라(서한) 외신(外臣)으로 기자국을 멸망시켜 단군조선과 대립관계에 있었고, 한사군은 한나라 영토에 편입된 행정구역 이었을 뿐 이라고 주장한다. 　

실제로 『후한서』『제왕운기』등의 중국과 우리 문헌들에 나타난 ‘고조선 기록’을 비교 종합해 보면, 기자국과 위만조선의 흥망, 한사군의 설치 등은 중국과의 경계인 고조선의 서부변경 지대에서 일어난 사건일 뿐이다.

본래의 고조선(단군조선)은 한사군 설치(위만정권 멸망 BCE 108년경) 이후에도 만주지역에 그대로 존속하고 있었다. 위만이라는 고작 한나라의 일개 장수 하나가 거대한 영토와 군사력을 보유한 단군한국을 무너 뜨리고 단군천왕이 되었다는 주장 자체가 어불성설이며 코메디이기 때문이다.
　
그러나, 고려 때 국무총리에 해당하는 문하시중인 이암 등이 고대로부터 우리 민족사를 기록한 고서들을 모아서 편찬한 <단군세기> 등을 일제시대에 계연수가 한 권의 책으로 모은 『환단고기』에 의하면, 단군왕검이 세운 고조선은 만주와 한반도에 걸친 전 영토를 마한, 진한, 번한의 3한으로 나누어 통치를 했으며, 이 때의 삼한을 북삼한이라 하는데 위만이 준왕을 몰아 내고 세운 위만정권은 요서지역을 중심으로 중국 동해안 지역에 해당한 번한이다.

단군나라의 국호는 한국(1대 단군왕검 천왕)=> 조선(22대 색불루 단군천왕)=>대부여(43대 구물 단군천왕)으로 변경된다. 그리고 47대 고열가 단군천왕이 천왕권을 포기하고 옛 아사달로 떠난 이후 길림지역에서 세운 해모수의 부여는 단군나라의 국호를 그대로 계승한 국호이다. 그리고 고조선이 붕괴되고 요서지역의 기자조선이 망하면서 조선유민들이 한반도 한강 이남으로 대거 이주하여 단군3한국을 계승한다는 의미에서 서남부지역의 마한을 중심으로 남삼한을 이루었다.